PubPeer 评论梳理

靶向多胺代谢与铁死亡增强 KRAS 靶向治疗疗效论文：数据重复质疑与作者回应

本文仅梳理 PubPeer 公开评论的观点，不代表最终结论，也不代表该论文已被撤稿或官方认定存在问题。

原论文：Targeting polyamine metabolism and ferroptosis enhances the efficacy of KRAS-targeted therapy depending on KEAP1 status. Nature Communications, 2025.

DOI：10.1038/s41467-025-65441-4　PMID：41219185　ISSN：2041-1723

第一作者：Yunyi Bian（卞云逸），上海交通大学医学院附属胸科医院胸外科（Department of Thoracic Surgery, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, China）

作者：Yunyi Bian, Guangyao Shan, Guoshu Bi, Zhijie Xu, Jiaqi Liang, Yuanliang Yan, Wei Guo, Qihai Sui, Yanjun Yi, Haochun Shi, Tao Lu, Huan Zhang, Qun Wang, Hong Fan, Wei Jiang, Cheng Zhan

评论：8 条评论，2026 年 5 月/8 月

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评论指出，Fig 4B 中两个不同实验条件下的数值完全重复。
其他图中也存在不同实验设置下数值重复的现象。
Fig 2A 中红色数据块可由黄色和绿色数据块通过线性关系 Red = 2 × Yellow − Green 重现，且部分单元格仍保留 Excel 公式。
Fig S3D 中代谢物数值的小数部分呈现高度重复的模式（如 .323、.324、.325）。
作者回应：承认错误，解释为复制粘贴失误、索引不匹配、手动错误、标准化处理等，并称不影响核心结论。

2025 年发表于 Nature Communications 的一项研究提出，靶向多胺代谢与铁死亡可增强 KRAS 靶向治疗的疗效，且取决于 KEAP1 状态。2026 年 5 月至 8 月，PubPeer 上出现了 8 条评论，其中 7 条为质疑，1 条为作者回应。以下按评论编号梳理各方观点，供读者自行判断。

评论 #1：Fig 4B 中两个不同实验条件下数值重复

评论者 Paranaita bilimbata 指出，在图 4B 中，两个不同实验条件下出现了数值重复。

**评论 #1 所附图片。**Fig 4B 中两个不同实验条件（H23-Sotorasib-R 与 H23-Adagrasib-R）的数据块完全相同。

评论 #2：不同设置中的重复值

评论者 Paranaita bilimbata 再次指出，在不同设置中存在重复值。

评论 #3：Fig 2A 中 Red = 2 × Yellow − Green 的线性关系

评论者 Clathria cancellaria 指出，图 2A 中三个对应的实验数据块之间存在显著的数学关系。黄色、绿色和红色列分别对应 AE3:AE27、AE28:AE52 和 AE53:AE77。

在 25 个对应数据点中，有 22 个红色块中的数值可由黄色和绿色块通过同一线性关系重现：

Red = 2 × Yellow − Green

例如，62.5407778（黄色）和 60（绿色）得到 65.0815555（红色）；类似地，8.19108788 和 11 得到 5.38217576。该关系在完整的底层数值精度上成立，差异仅处于浮点舍入水平。重要的是，红色块中有几个单元格仍保留用于生成这些值的原始 Excel 公式（AE58、AE59、AE76 和 AE77），直接证明这些条目是由对应的黄色和绿色值数学计算而来，而非独立输入的测量值。

**评论 #3 所附图片。**Fig 2A 中红色数据块可由黄色和绿色块通过 Red = 2 × Yellow − Green 重现。

评论 #4：不同实验条件下出现相同的数值

评论者 Clathria cancellaria 指出，不同实验条件下出现了相同的数值。

**评论 #4 所附图片。**Fig 3H 与 Fig S4J 中数据块重复，箭头示出复制关系。

评论 #5：不同实验条件下出现相同的数值

评论者 Clathria cancellaria 再次指出，不同实验条件下出现了相同的数值。

评论 #6：不同实验条件下出现相同的数值

评论者 Clathria cancellaria 第三次指出，不同实验条件下出现了相同的数值。

**评论 #6 所附图片。**Fig S5A 与 Fig S5B 中数据重复，不同行被高亮。

评论 #7：Fig S3D 中小数部分的重复模式

评论者 Clathria cancellaria 指出，图 S3D 中的底层数值在小数部分呈现出显著且高度重复的模式。在所检查的代谢物测量值中，异常大比例的值其小数部分以 .323、.324 或 .325 开头。

特别地，某些小数模式在其他方面不同的测量值中反复出现，包括 .3245、.324 和 .325。例如：100.3245、73.32435、50.3245、88.32455、401.324、303.325 和 230.324。高亮单元格表明，该模式分布在不同代谢物和实验样本中，而非局限于单一测量组。

**评论 #7 所附图片。**Fig S3D 中代谢物数值的小数部分呈现重复模式（如 .323、.324、.325）。

评论 #8：作者回应

作者 Yunyi Bian 对上述质疑作出回应。以下为回应要点：

总体致歉：作者感谢评论者的仔细阅读和指出问题，并对已发表论文中的错误表示真诚道歉。作者立即审查了所有原始实验档案。

逐条回应：

关于大部分数据重复问题（如问题 1、4、5、6）：在原始手稿中，这两个图明显不同，表明其底层原始数据并不相同。该错误发生在作者整理原始数据汇总表时。当从绘图软件将数据转移到 Excel 时，复制操作未成功执行，而 Excel 未提供错误提示。结果，作者未能注意到重复复制。该错误不影响本研究的主要发现或核心结论。
关于问题 2：由于代谢物数量众多，在使用 Python/R 脚本对多个 384 孔板进行批量合并时发生了索引不匹配。这导致相同的代谢物读数被错误地匹配到两个单独的代谢物条目。作者已仔细验证每个代谢物的值，并确认该错误不影响研究的核心结论。
关于问题 3：所涉及的数据在统计上不合理，不应包含如此高比例的整数。经核实，作者发现完全不相关的数据被错误地复制到了这一部分。具体而言，这是由于 Excel 操作过程中发生的手动错误。作者对在数据验证过程中未能发现这些错误表示抱歉，并将进一步调查具体细节。
关于问题 7：关于本节中的代谢组学数据，公司在检测过程中应用了标准化处理。具体而言，数据被除以一个特定的标准化因子，这导致小数点后出现非常相似的数值模式。

作者最后再次感谢评论者的审查，并表示这将有助于提高研究质量。

总结

本次 PubPeer 评论的核心质疑集中在数据重复与数值模式层面：Fig 4B 中不同实验条件数值完全重复；其他图中不同实验设置下出现相同数值；Fig 2A 中红色数据块可由黄色和绿色块通过 Red = 2 × Yellow − Green 重现，且部分单元格保留 Excel 公式；Fig S3D 中小数部分呈现高度重复模式。

作者已公开回应，承认存在错误，并逐条给出解释：复制粘贴失误、索引不匹配、手动错误、标准化处理等。作者表示这些错误不影响核心结论，并感谢评论者的反馈。

这些质疑与回应最终应如何评价，需由期刊、同行评议及后续独立实验来裁决。本梳理仅呈现 PubPeer 公开评论与作者回应的内容。

参考来源

原论文：Bian Y, et al. Targeting polyamine metabolism and ferroptosis enhances the efficacy of KRAS-targeted therapy depending on KEAP1 status. Nature Communications, 2025. DOI: 10.1038/s41467-025-65441-4. PMID: 41219185.

PubPeer 评论页面： https://www.pubpeer.com/publications/F584CCBA3110ACA4697E3AB7B7BCB5#0

评论者：Paranaita bilimbata（评论 #1–#2）、Clathria cancellaria（评论 #3–#7）；作者回应：Yunyi Bian（评论 #8）。评论时间：2026 年 5 月/8 月。

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