Rpl12 作为保守核糖体自噬受体论文：数据模式质疑与作者回应
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- 多位评论者指出，多组图中存在高度规律性的数值模式：不同列之间差值恰好为 10、比值完全一致、小数部分完全相同。
- 评论者认为，独立实验中出现完全相同的比值或小数部分异常，需要作者说明数据的来源、计算与处理过程。
- 第一作者 Yuting Chen 回应：所有提及的问题已在内部审查和自我评估中发现，已联系期刊编辑部，期刊已启动相应处理程序。
2025 年发表于 Nature Cell Biology 的一项研究提出，Rpl12 是一个保守的核糖体自噬受体。2026 年 8 月至 9 月，PubPeer 上出现了 15 条评论，其中 14 条为质疑，1 条为作者回应。以下按评论编号梳理各方观点，供读者自行判断。
评论 #1：Extended Fig 7l 与 8j 中对应列差值恰好为 10
评论者 Thermococcus prieurii 指出，Extended Figure 7l 与 Extended Figure 8j 之间存在一个值得关注的数值模式，可能需要澄清。
具体而言，在具有相同颜色编码、代表不同实验条件（RpL12 RNAi 与 RpL12 过表达及其相应的 WT 对照）的列之间，配对列的数值表现出一致的差值，恰好为 10。
- 列 A 的值减去列 B 的值等于 10；
- 列 C 的值减去列 D 的值等于 10；
- 列 E 的值减去列 F 的值等于 10；
- 列 H 的值减去列 G 的值也等于 10。
这种精确数值关系在多个数据集中反复出现，对于独立测量而言并不寻常，可能需要作者就这些数值的来源、计算和处理过程作出澄清。
评论 #2：Fig 2m 中三组独立实验的比值完全一致
评论者 Thermococcus prieurii 指出，在 Figure 2m（“Raw grayscale values statistics of the indicated proteins”）中，三次独立实验报告值之间存在重复且高度规律的数学关系。
- 第 1 次实验中，列 A 的前三个值除以列 B 中对应的前三个值，结果均等于 1.14118。
- 第 2 次实验中，列 A 前三个值与列 B 前三个值的比值均等于 1.14661。
- 第 3 次实验中，对应的比值均等于 1.19279。
其他列与列之间的比较也观察到类似的规律性模式。用于这些计算的具体数值列在相应公式下方，并以不同颜色高亮以便区分。
评论 #3：Fig 2m 与 Extended Fig 3b 中不同处理组小数部分完全相同
评论者 Thermococcus prieurii 指出，在 Figure 2m 和 Extended Figure 3b 中，来自独立实验的四个不同处理组（WT、M、WT 和 pep4）似乎共享完全相同的小数值。
具体而言，具有相同颜色编码的行，其小数点后的数值完全相同。
评论 #4：Extended Fig 3b 与 3d 中降解比值小数部分完全相同
评论者 Thermococcus prieurii 指出，在 Extended Figure 3b 和 Extended Figure 3d 中，来自独立实验的不同处理组的蛋白质降解比值似乎共享完全相同的小数值。
具体而言，具有相同颜色编码的列，其小数点后的数值完全相同。
评论 #5：Fig 5d 中三组独立实验的比值完全一致
评论者 Thermococcus prieurii 指出，在 Figure 5d（“Raw grayscale values statistics of the indicated proteins”）中，三次独立实验报告值之间存在重复且高度规律的数学关系。
- 第 1 次实验中，列 A 的前三个值除以列 B 中对应的前三个值，结果均等于 1.56522。
- 第 2 次实验中，列 A 前三个值与列 B 前三个值的比值均等于 1.40189。
- 第 3 次实验中，对应的比值均等于 1.53282。
其他列与列之间的比较也观察到类似的规律性模式。用于这些计算的具体数值列在相应公式下方，并以不同颜色高亮以便区分。
评论 #6：Extended Fig 3b 与 5f 中不同处理组小数部分完全相同
评论者 Pachycheles crinimanus 指出，在 Extended Figure 3b 和 Extended Figure 5f 中，来自独立实验的四个不同处理组（WT、pep4、2D 和 WT）似乎共享完全相同的小数值。
具体而言，具有相同颜色编码的行，其小数点后的数值完全相同。
评论 #7：Extended Fig 3f 与 3j 中对应列比值完全一致
评论者 Pachycheles crinimanus 指出，在 Extended Figure 3f 和 Extended Figure 3j（“Raw grayscale values statistics of the indicated proteins”）中，SD-N 6 h 条件下三次独立实验报告值之间存在重复且高度一致的数学关系。
具体而言，不同列之间对应值的比值在多次测量中似乎完全一致。例如：
- 列 A 的值除以列 D 中对应的值，结果一致等于 1.152421532。
- 列 B 的值与列 E 中三个对应值的比值均等于 0.927261929。
- 在第三次实验（列 C/F）中，对应的比值一致为 0.961648493。
评论 #8：Extended Fig 2c 与 3j 中降解比值小数部分完全相同
评论者 Pachycheles crinimanus 指出，在 Extended Figure 2c 和 Extended Figure 3j 中，不同细胞中来自不同处理组的蛋白质降解比值似乎共享完全相同的小数值。
具体而言，具有相同颜色编码的单元格，其小数点后的数值完全相同。
评论 #9：Extended Fig 2c 与 2o 中不同细胞类型降解比值完全相同
评论者 Pachycheles crinimanus 指出，在 Extended Figure 2c 和 Extended Figure 2o 中，来自独立实验的不同细胞类型（pep4 与 atg1）的蛋白质降解比值似乎共享完全相同的数值。
具体而言，具有相同颜色编码的单元格，其数值完全相同。
评论 #10：Extended Fig 2c 与 3f 中不同细胞类型降解比值完全相同
评论者 Pachycheles crinimanus 指出，在 Extended Figure 2c 和 Extended Figure 3f 中，来自独立实验的不同细胞类型（pep4 与 rny1）的蛋白质降解比值似乎共享完全相同的数值。
具体而言，具有相同颜色编码的单元格，其数值完全相同。
评论 #11–#14：多图数据异常（合并简化）
评论者 Yong-Chang Zhou 在评论 #11–#14 中列出了更多图片的数据异常，主要涉及以下类型：
- 多组之间呈现等比例数据；
- 不同组之间呈现恒定差值；
- 数据尾数或小数位呈现规律性分布模式。
涉及的图片包括：Figure 2m、Figure 3m、Figure 5d、Figure 7d、Extended Fig. 2m、Extended Fig. 3b、Extended Fig. 3d、Extended Fig. 6d、Extended Fig. 7a、Extended Fig. 7c、Extended Fig. 7l、Extended Fig. 8j、Extended Fig. 9e、Extended Fig. 9g、Extended Fig. 5f、Extended Fig. 3f、Extended Fig. 3j、Extended Fig. 9i、Extended Fig. 2c、Extended Fig. 2o、Figure 2o、Figure 3o 等。
由于涉及的图片数量较多，此处不再逐张展示。详细图片和具体数值请跳转 PubPeer 原文查看： https://www.pubpeer.com/publications/9FF7119F2EDC7B4A6A31C131FB3E84#0
评论 #15：作者回应
第一作者 Yuting Chen 对上述质疑作出回应：
我是本文第一作者 Yuting Chen。感谢您将这些问题提请我们注意。所有提及的问题已在我们的内部审查和自我评估过程中被发现。因此，我们已就所发现的问题联系期刊编辑部，期刊已启动相应的处理程序。
作者回应表明，相关问题已进入期刊处理流程，但回应中未逐条说明各图数据的具体情况。
总结
本次 PubPeer 评论的核心质疑集中在数据模式层面：多组图中出现高度规律性的数值关系，包括对应列差值恰好为 10、不同列之间比值完全一致、不同处理组或不同细胞类型的小数部分完全相同、尾数呈现规律性分布等。
第一作者 Yuting Chen 已公开回应：所有提及的问题已在内部审查和自我评估中发现，已联系期刊编辑部，期刊已启动相应处理程序。
这些质疑与回应最终应如何评价，需由期刊、同行评议及后续独立实验来裁决。本梳理仅呈现 PubPeer 公开评论与作者回应的内容。
参考来源
原论文：Chen Y, Hu J, Zhao P, et al. Rpl12 is a conserved ribophagy receptor. Nature Cell Biology, 2025. DOI: 10.1038/s41556-024-01598-2. PMID: 39934334.
PubPeer 评论页面： https://www.pubpeer.com/publications/9FF7119F2EDC7B4A6A31C131FB3E84#0
评论者：Thermococcus prieurii（评论 #1–#5）、Pachycheles crinimanus（评论 #6–#10）、Yong-Chang Zhou（评论 #11–#14）；作者回应：Yuting Chen（评论 #15）。评论时间：2026 年 8 月/9 月。
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